Оппозиционер Алексей Навальный в своем блоге опубликовал расследование, раскрывающее якобы принадлежащую семье главы РЖД Владимира Якунина «бизнес-империю, оформленную на офшорные компании по всему миру», которое стало основой для обращения в Генпрокуратуру, СК, ФСБ, во все парламентские фракции Госдумы, а также президенту и председателю правительства.

В сообщении Навального упоминается «Региональная Гостиничная Сеть», расположенная на привокзальных площадях крупных городов России и принадлежащая, по словам Навального, через кипрские офшоры старшему сыну Якунина. Кроме того, Навальный утверждает, что младший сын Якунина контролирует компанию, занимающуюся застройкой территорий Варшавского и Московского вокзалов в Петербурге. Также оппозиционер описывает схемы, по которым семья Якунина может контролировать участок и причал в Геленджике и морской порт Усть-Луга.

«Я не комментирую обвинения со стороны Навального, но хочу подчеркнуть, что все последние нападки на президента РЖД Владимира Якунина связаны именно с эффективной работой компании», - приводит слова пресс-секретаря РЖД Александра Пиркова «Интерфакс».

Кроме того, несколько недель назад в блоге оппозиционера Алексея Навального появилась публикация об элитной даче Якунина с отдельным хранилищем для шуб, перегороженными подходами к реке и молельной комнатой с иконами в золотых окладах. Как отмечают СМИ, сомнений в том, что поместье действительно имеет отношение к Якунину, все меньше. До 25 февраля 2011 года хозяином поместья официально был он, а теперь дача формально принадлежит зарубежной офшорной компании.

Сам Якунин полагает, что против него ведется целенаправленная кампания. В июне сообщение об отставке главы РЖД распространили все крупнейшие российские СМИ, однако источник фальшивых сообщений так и не был найден. Некоторые эксперты полагают, что информационная кампания началась после сообщений о выделении РЖД 260 миллиардов рублей на реконструкцию БАМа и Транссиба. 

Между тем отставку Якунина начали обсуждать еще полгода назад - после публикации доклада Центра проблемного анализа и государственно-управленческого проектирования, чью экспертную группу возглавляет Якунин. В докладе говорилось, что настоящим победителем думских выборов в 2011 году являлась КПРФ, и признавалось, что итоги выборов были сфальсифицированы. Глава РЖД прокомментировал доклад спустя два дня после его обнародования, объявив неприемлемыми как само содержание документа, так и его публикацию от имени центра.